Las parasitosis intestinales por protozoarios son la giardiasis, las coccidiosis entéricas y la amibiasis.

Para todas estas infecciones el mecanismo de transmisión es el fecalismo, directo o indirecto.

Existen aún otros protozoarios tales como Endolimax nana o Blastocystis hominis de discutida patogenicidad que también actúan como marcadores de contaminación fecal oral.

Las enteroprotozoosis tienen interés como causa de diarrea: en niños preescolares predomina la giardiasis, en individuos inmunodeprimidos las coccidiosis y en viajeros de zonas tropicales la amibiasis.

Giardia lamblia es el protozoo intestinal más frecuentemente informado a nivel mundial, presentándose en nuestro país con una prevalencia de aproximadamente 20%, pero su relativamente largo periodo de incubación y su inicio a menudo insidioso hacen difícil detectar la fuente común de epidemias.

Sin embargo se describen epidemias a través del agua: en excursionistas en contacto con castores, a través del hielo en restaurantes, y también a través de ciertos alimentos por ej. vegetales crudos consumidos tanto en oficinas como durante actividades al aire libre.

Los manipuladores de alimentos con pobres prácticas de higiene personal y portadores de Giardia lamblia pueden transmitirla y provocar epidemias tanto en guarderías infantiles como en hogares de ancianos. Resta aún aclarar la importancia del agua potable como fuente de infección, así como el potencial zoonótico de esta parasitosis.

Cryptosporidium sp., Isospora belli y Cyclospora cayetanensis son coccidios intestinales capaces de originar cuadros de diarrea aguda autolimitada en individuos inmunocompetentes o diarrea prolongada o crónica severa en inmunocomprometidos.